西安地鐵運營分公司根據“產權清晰、權責明確、政企分開、管理科學”的現代企業制度要求，實行經理負責制，設有辦公室、企業發展部、人力資源部、黨群工作部、財務部、工會、技術部、安保部、物資部、調度部、票務部、客運部、乘務部、車輛部、機電部、工電部、通號部等17個部門，各部門分工協作，各司其職，各負其責，確保西安地鐵的平安運營。現有一、二、三號線在編員工6000多人。

運營分公司自成立以來，秉承“傳承文明，提速西安”的企業使命，以運營安全和乘客服務為重點，大力推行運營安全生產標準化建設和精細化管理，不斷提升運營服務質量，線網客流量穩步提升。

目前，西安地鐵最小行車間隔為3分09秒,日均客運量穩定在100萬人次以上，最高達到140.18萬人次，線網客流強度在全國已開通地鐵城市中排名第2位，運營安全標準化管理達到國家一級水平。為西安市民提供了安全、準點、舒適、快捷的城市軌道交通運營服務，向社會傳遞企業價值，讓運營分公司“地鐵所至，愛心相隨”的服務理念深入古城人民心中。